Në kapërcim të shek. X-XI, trevat shqiptare ishin nën juridiksionin kishtar të tri kryepeshkopatave, të cilat drejtonin një numër të madh selish peshkopale vartëse (sufragane). Këto qenë kryepeshkopata e Naupaktit, ajo e Durrësit dhe kryepeshkopata e Ohrit. Kjo e fundit, e krijuar dhe e fuqizuar si e tillë nga carët bullgarë, mundi të tërheqë nën juridiksionin e vet një numër peshkopatash, deri atëherë sufragane të dy mitropolive fqinje. Të tilla qenë peshkopatat e Himarës, Butrintit, Drinopojës e Kozilit (pranë Prevezës), që iu shkëputën Naupaktit, apo selitë e Vlorës, Glavinicës e Cernikut që deri atë çast i përkisnin Durrësit. Në këtë mënyrë kryepeshkopata e Ohrit përmblodhi numrin më të madh të peshkopatave shqiptare. Përveç selive që iu shkëputën Durrësit e Naupaktit, ajo kishte nën vete edhe selitë peshkopale të Nishit, Prizrenit, Shkupit, Dibrës, Kërçovës, Përlepit, Devollit, Kolonjës, Manastirit etj. Kryepeshkopata e Ohrit e ruajti këtë shtrirje edhe pas rënies së Perandorisë Bullgare (1018). Perandori Bizantin Bazili II ia rikonfirmoi kishës së Ohrit të gjitha sufraganet që i ishin akorduar nga carët bullgarë, përfshirë selitë e shkëputura nga Naupakti e Durrësi, me gjithë protestat e kryepeshkopëve të këtyre të fundit.
Juridiksioni i Durrësit, që fillimisht shtrihej prej Tivari në Vlorë vazhdoi të zvogëlohej derisa aty nga viti 1143, nga 14 sufragane që kishte më parë, i kishin mbetur vetëm 4 sufragane: Kruja, Kunavia, Stefaniaka dhe Lezha. Rëndësi të madhe pati shkëputja prej tij e selive peshkopale të Dioklesë (Gentës), të cilat përpiqeshin të krijonin një dioqezë kishtare më vete me qendër Tivarin. Në kuadrin e luftës për një autonomi politike nga Bizanti, princërit e Dioklesë i shfrytëzuan dhe i inkurajuan përpjekjet e klerit të tyre për një shkëputje kishtare nga Konstandinopoja. Rezultati i përpjekjeve të tilla ishte shkëputja më 1022 e peshkopatave të Ulqinit e të Tivarit nga Durrësi dhe rikthimi i tyre në sferën e kishës së Romës. Papa Benedikti VIII i shpalli në atë kohë dy peshkopatat shqiptare si sufragana të kryepeshkopatës së Raguzës.
Shembulli i Tivarit dhe i Ulqinit u ndoq në vitet e mëvonshme edhe nga peshkopatat e tjera shqiptare të veriut. Në këtë mënyrë, ndarja zyrtare e kishës (1054), në kishë katolike të Perëndimit, me qendër në Romë, e në kishë ortodokse të Lindjes, me qendër në Konstandinopojë, i gjeti trojet shqiptare të ndara midis dy qendrave të mëdha të botës së krishterë. Pjesa më e madhe e tyre vazhdoi të qëndrojë e lidhur me Patriarkatin e Konstandinopojës. Por në skajin veriperëndimor ishte kristalizuar një enklavë katolike e përfaqësuar nga peshkopatat diokleate të Tivarit, Ulqinit, Shkodrës, Pultit, Drishtit që njohën autoritetin kishtar të Papës së Romës.
Një funksion të rëndësishëm, si bërthama të besimit katolik, zhvillonin në Diokle e në trevat e tjera veriore të Shqipërisë manastiret e mëdha benediktine, ndër të cilat shquheshin manastiri i Shën Serxhit e Bakut (Shirgjit) në derdhjen e Bunës, ai i Shën Mërisë së Rotecit afër Tivarit, si dhe manastiret e Shën Lleshit në Orosh (San Alexandro in monte), i Shelbuemit në Rubik, i Shën Mërisë së Ndërfandes (Mirditë), e të Shën Kollit (Mat). Pushteti jo vetëm shpirtëror, por edhe ekonomik i këtyre abacive qe aq i madh, sa që Papati i shkëputi ato nga juridiksioni i kryepeshkopit të Tivarit dhe i vuri nën administrimin e vet të drejtpërdrejtë.
Në çështje të organizimit të kishave katolike shqiptare të veriut Papati, ashtu si dikur Patriarkati i Konstandinopojës, u përpoq të evitonte një autonomi të madhe të tyre. Ndonëse më 1077 papa Grigori VII shpalli krijimin e kryepeshkopatës së Tivarit, kësaj nuk iu dhanë kompetencat e një mitropolie, në radhë të parë nuk iu njoh e drejta e emërimit të peshkopëve në selitë varëse. Së bashku me kishat e Ulqinit, Shkodrës, Shasit (Suaçit), Drishtit e Pultit, kryepeshkopata e re e Tivarit u vu në varësi të kishës së Raguzës. Për më se një shekull peshkopatat shqiptare luftuan për t’u shkëputur nga varësia e Raguzës, duke hyrë në konflikt jo vetëm me këtë, por edhe me vetë Papatin. Papa Anastasi IV më 1153 e, pas tij, papa Aleksandri III më 1167 kaluan deri në masa ekstreme, duke shkarkuar nga funksionet peshkopët e Ulqinit, Tivarit, Drishtit e duke kërcënuar me të njëjtën masë edhe prelatët e tjerë, që refuzonin të njihnin si autoritet epror kryepeshkopin e Raguzës.
Kjo luftë e gjatë e peshkopatave katolike shqiptare për një autonomi nga qendrat e huaja kishtare, përkatësisht nga Raguza, u kurorëzua më në fund me sukses në kohën e pontifikatit të papës Inocent III (1199-1211).
Kjo kthesë në politikën e Papatit ndaj kishës katolike shqiptare përkonte me një fazë të re zhvillimi për Kishën Katolike në përgjithësi. Dobësimi i Perandorisë Bizantine nga gjysma e dytë e shek. XII, që çoi në shembjen e saj më 1204 nga kryqtarët perëndimorë, i hapi rrugë strategjisë së Papatit për shtrirjen e ndikimit të vet në trevat ballkanike, që ishin nën juridiksionin e Patriarkut ortodoks të Konstandinopojës.
Në kuadrin e një strategjie të tillë, këndi i peshkopatave katolike shqiptare në veriperëndim të vendit fitoi rolin e një baze operacionale të katolicizmit kundër ortodoksisë. Duke u nisur nga kufijtë e dioqezës së Tivarit, kisha katolike depërtoi në thellësi, në drejtim të Lindjes (Kosovë) e të Jugut (Principata e Arbrit). Në fillim të shek. XIII, më saktë në vitin 1204, burimet historike flasin për herë të parë për ekzistencën e selive peshkopale katolike në Kosovë, si në Prizren e në Shkup. Në vitet e mëvonshme kisha katolike dëshmohen edhe në qendra të tjera, si në Graçanicë, Trepçë, Novobërdë, madje edhe në lokalitete e deri në fshatra të vogla, gjë që flet për një përhapje të gjerë të ritit katolik në ato treva, që 5-6 shekujt e fundit, të paktën administrativisht, kishin qenë të lidhura me kishën ortodokse të Lindjes.
Shtrirja e ritit katolik në viset e Dardanisë së vjetër (Kosovë), të banuara kryesisht nga popullsi shqiptare, përkon me kalimin e tyre dhe të Dioklesë (Gentës) nga sundimi bizantin nën pushtimin e shtetit serb të Rashës. Politika kishtare e mbretërore serbe synonte që kisha ortodokse serbe, qysh prej vitit 1219 autoqefale, të zinte në këto hapësira vendin e Kishës së Konstandinopojës. Themelimi dhe kthimi në ritin serb i një sërë manastiresh e kishash në Kosovë, Maqedoni e në Diokle (Gentë), si dhe zhvendosja në Pejë e selisë së Patriarkatit serb i shërbenin pikërisht këtij qëllimi.
Megjithatë, të ndodhur nën presionin dhe kërcënimet e Papatit e të fuqive katolike të Evropës, mbretërit dhe kisha serbe u detyruan së paku fillimisht ta tolerojnë deri diku praninë e kishës katolike në viset e pushtuara sërishmi. Kjo vlen sidomos për viset e Dioklesë, tradicionalisht të lidhura me Romën. Për të shmangur ballafaqimin me popullsinë vendase dhe me botën katolike të përtejdetit, mbretërit e parë serbë të dinastisë Nemanja ua njohën për ca kohë atyre autonominë kishtare që kishin gëzuar edhe më parë, në kohën e sundimit bizantin. Në këtë kuadër, për gjithë gjysmën e dytë të shek. XIII, edhe pushteti laik në Diokle iu besua një princeshe katolike, gruas franceze të mbretit Stefani I Urosh, Helenës. Në kujtesën e popullsisë shqiptare të Dioklesë, emri i mbretëreshës Helena u ruajt për shumë kohë si bamirëse e mbrojtëse e besimtarëve dhe e objekteve të kultit katolik. Një mbishkrim mbi gur nga manastiri benediktin i Shën Serxhit e Bakut (Shirgjit), që ruhet sot e kësaj dite, kujton se në vitin 1290 mbretëresha Helenë e rindërtoi nga themelet këtë vend të shenjtë për besimtarët e zonës.
Sidoqoftë, qëndrimet tolerante ndaj katolikëve shqiptarë në viset e pushtuara përbënin vetëm një përjashtim në politikën e Nemanjëve serbë dhe lidheshin me rolin dhe ndikimin e mbretëreshës franceze, Helenës.
Qysh kur serbët e Stefan Nemanjës u shfaqën në viset e Kosovës e të Dioklesë (Gentës), fillojnë të duken dëshmitë e para historike mbi “persekutimet e Zhupanit të madh” (1173), si dhe për “ankthet e vuajtjet e katolikëve të robëruar” (1199). Politika e shtetit serb ndaj popullsive katolike të viseve shqiptare të pushtuara u kristalizua sidomos në kohën e sundimit të mbretërve Stefan Uroshi II (1282-1321), Stefan Uroshi III (1322-1331) e Stefan Dushani (1331-1355). Koha e sundimit të këtyre sovranëve është periudha e përqendrimit dhe e konsolidimit më të madh të mbretërisë serbe. Ajo përkon gjithashtu me prishjen përfundimtare të marrëdhënieve të kësaj me Papatin dhe me fuqitë katolike, siç ishin Hungaria dhe anzhuinët francezë. Duke i konsideruar shqiptarët katolikë si një element destabilizues dhe aleat i natyrshëm i këtyre fuqive, mbretërit serbë zbatuan një politikë të tërë, që erdhi duke u përpunuar dora-dorës e që gjeti shprehjen më të qartë në “Kodin e Stefan Dushanit” (1349). Disa nga nenet më të rëndësishme të këtij kodi, i kushtoheshin “shkuljes së herezisë katolike” dhe veprimeve kundër besimtarëve dhe klerikëve katolikë, që nuk dëgjonin të konvertoheshin në ortodoksinë serbe. Për këta shpallej hapur përvetësimi dhe prishja e kishave, sekuestrimi i pasurisë, damkosja me hekur të nxehtë, dëbimi dhe deri ndëshkimi me vdekje. Dokumente të shumta të asaj kohe provojnë se këto masa të parashikuara kundër katolikëve në kodin e së drejtës mesjetare serbe, u zbatuan në praktikë me egërsinë më të madhe, duke shkaktuar kryengritjet e popullsisë shqiptare si dhe protestat e ashpra të Papatit, që më se një herë shpalli deri organizimin e kryqëzatave perëndimore për të shpëtuar popullsitë katolike që vuanin nën shtypjen e mbretërve “skizmatikë” të Rashës.
