Megjithëse popullsitë e ndryshme ilire ishin mundur në beteja të veçanta nga ushtria romake, kjo e fundit nuk e kishte thyer përfundimisht qëndresën e tyre. Pas luftërave mbrojtëse filluan kryengritjet. Mizoritë e ushtrive romake, veprimet arbitrare të komandantëve e të qeveritarëve romakë, taksat e rënda, plaçkitjet e grabitjet e pushtuesve i shtynë në kryengritje ilirët e veriut dhe të jugut. Pushtimi romak bëhej përherë e më i rëndë; në krahinat e pushtuara nuk ishin të siguruara as gjëja, as nderi dhe as jeta e ilirëve.
Kjo bëri që në gjysmën e dytë të shek. I p.e.sonë, gjatë krizës politike që kaloi Republika Romake për shkak të luftës civile, lufta çlirimtare e ilirëve të zgjerohej edhe më shumë. Në krahina të ndryshme të Ilirisë, sidomos në ato bregdetare u krijua një situatë e favorshme, e cila u dha shkas përpjekjeve për çlirim. Duke pasur synime të qarta politike, ilirët u përpoqën të përfitonin nga konfliktet që lindën në gjirin e klasës sunduese romake. Kështu në vitet 50 të shek. I p.e.sonë një pjesë e qyteteve (ku ishin vendosur qytetarë italikë) që kishin filluar të zhvilloheshin ekonomikisht, morën anën e Cezarit; paria ilire, e nisur nga interesat e saj jetësore, përkrahu kundërshtarin e tij, Pompeun.
Të parët që morën armët dhe u ngritën kundër romakëve qenë pirustët; në vitin 50 p.e.sonë ata sulmuan krahinat jugore të vëna nën administrimin e Cezarit. Shteti romak mori masa mbrojtjeje kundër pirustëve kryengritës, dërgoi forca të reja ushtarake dhe fortifikoi qytetet. Ne kemi dëshminë e tri mbishkrimeve latine të gjetura në Lezhë dhe të vetë Cezarit për rindërtimin e fortifikimeve të Lisit, që duhet të ketë qenë një nga qytetet e para të sulmuara nga pirustët.
Atë që nuk mundën ta bënin pirustët, dëbimin e pushtuesve romakë nga vendi i tyre, e bënë dalmatët. Në vitet 50 të shek. I p.e.sonë dalmatët rimëkëmbën federatën e tyre. Në kufirin verior me liburnët ata çliruan qytetin Promona dhe thyen ushtrinë e fortë romake të dërguar kundër tyre nga Cezari. Në vitet 47-48 në një betejë të madhe ata shkatërruan tërësisht ushtrinë romake të përbërë nga 15 kohorta këmbësorësh e 3 000 kalorës. Më shumë se 2 000 ushtarë, 30 centurionë e 4 tribunë romakë u vranë në këtë betejë. Me disfatë përfunduan edhe operacionet e tjera të ushtrisë romake, e cila u thye, duke humbur edhe flamujt. Sipas Apianit, dalmatët pas këtyre betejave “nga plaçka e shumtë që zunë jo vetëm u pasuruan në të holla, por rritën fuqinë e tyre ushtarake”. Dalmatët mbetën të pavarur dhe të fuqishëm edhe pas vdekjes së Cezarit.
Kundër pushtuesve romakë u ngritën edhe parthinët, tokat e të cilëve gjatë luftërave u bënë shesh lufte. Me pasoja për ta qe lufta midis Cezarit e Pompeut që shkatërroi ekonominë e tyre. Gjatë kësaj lufte ushtritë romake grabitën popullsinë parthine dhe krijuan aty një gjendje pasigurie. Për herë të parë parthinët ngritën krye në vitin 48 p.e.sonë, por kryengritja më e madhe e tyre ka qenë ajo e vitit 39, gjatë së cilës u shkaktuan pushtuesve romakë humbje të mëdha. Por në luftimet u vranë rreth 5 000 kryengritës. Sipas tregimit të Apianit, edhe pasi ishte shtypur kryengritja, njëri prej komandantëve romakë, Mark Antoni, do të ndihmonte ushtrinë që kishte në tokat ilire dhe me qëllim që ta bënte të pasur dhe njëkohësisht ta stërviste, e hodhi këtë ushtri kundër parthinëve.
Gjatë gjysmës së dytë të shek. I fise të tjera kryengritëse ilire të veriut vazhduan të luftojnë kundër pushtuesve romakë. Oktaviani, që ishte bërë në vitet 40 sundimtar i vetëm i shtetit romak, u detyrua të vinte vetë në viset ilire të çliruara në krye të një ushtrie prej 8-10 legjionesh (pothuaj 1/5 e ushtrisë së tij). Me këtë fushatë të madhe ushtarake Oktaviani kërkonte të forconte njëkohësisht edhe pozitën e tij në Itali. Në vitin 35 p.e.sonë ushtria i sulmoi nga toka dhe nga deti liburnët, kaonët dhe japodët. Këta të fundit u bënë legjioneve pushtuese një qëndresë të madhe. Në qëndresën ilire të kësaj kohe mbetet si një shembull i madh lufta për mbrojtjen e Metulit, qytetit kryesor të japodëve. Romakët mundën të pushtonin këtë qytet vetëm kur ai u shkatërrua i tëri dhe kur ishin vrarë mbrojtësit e tij. Për të mos rënë në duart e armikut, gratë metulase me fëmijët e tyre u hodhën në zjarrin që përfshiu qytetin. Shteti romak sulmoi pastaj edhe fise të tjera ilire si panonët, dalmatët e dardanët.
Pas kësaj fushate të përgjakshme që u kushtoi rëndë romakëve, këta të fundit arritën deri në Danub, duke hapur edhe rrugën tokësore që lidhte krahinat danubiane me detin Egje. Ilirët kryengritës, që luftonin jo të bashkuar u mundën nga ushtria e madhe romake e armatosur dhe e organizuar mirë. Por popullsitë ilire nuk iu nënshtruan pushtuesit as pas fushatës së viteve 30, me gjithë masat e marra nga shteti romak, largimin me forcë prej vendit të tyre të shumë kryengritësve dhe kthimin në skllevër të robërve të zënë gjatë luftërave pushtuese.
